微生物肥料是指含有活微生物的一种特定制品，与传统肥料相比其菌种来源于植物体内部，而不是土壤中；且不受光照、水分、温度、土壤酸碱度、土壤微生物等外界环境影响；能导入抗病虫害基因。因其生产成本低，增产效果好，能提高农产品质量和减少化肥使用量，在我国农业可持续发展中越来越占有重要的地位。

国内中国农业大学等科研机构，历经数年研究，从植物体内部提取出与植物体共生的有益微生物群体，科学上称之为“内生共生菌”，并将此菌利用高科技生物发酵技术进行扩繁，并结合国外先进的微量元素配方，研制出了若干新型微生物肥料。但在其应用过程中还存在着诸多问题：首先，科研部门对微生物肥料的基础研究和应用研究明显落后于生产实际，许多障碍使应用效果提高的因子未能得到深入研究，多年来这种头重脚轻的生产应用格局和在科研方面长期投入极低的态势已经制约了应用的发展。其次，产品质量参差不齐，一些产品的构成需要改进，质量问题在我国微生物肥料产品中存在较多。

与此同时，由于我国微生物肥料在整个肥料中占的比重还相当小，对微生物肥料行业缺乏足够重视和管理。虽然１９９４年５月农业部正式发布我国第一个微生物肥料行业标准；１９９６年农业部发文将微生物肥料纳入“一肥两剂”（肥料、土壤调理剂、植物生长调节剂）检验登记管理范围，但是产品管理有待进一步规范，产品标准有待强化。现行的标准与微生物的多种类极不适应，加上一些新科研产品或是国外产品，已有的微生物肥料标准已不能涵盖它们。

同时，我国目前在微生物肥料的生产应用上还存在认识问题，近几年形成了较大误区，不能客观地认识和评价微生物肥料的作用及效果，要么过分炒作，无限夸大其作用，要么故弄玄虚，将其神秘化等等。造成了认识上和生产上的极大混乱，严重损害了农民利益。

在二十一世纪，加快微生物肥料的发展，增加微生物肥料在整个肥料中的比例是现代农业发展的需要，微生物肥料具有良好的发展前景。因此，要在进一步加强微生物肥料的基础和应用基础研究的基础上，加强行业管理，进一步规范微生物肥料市场；加强微生物肥料的标准体系建设，重视和加强微生物肥料的质检体系建设；正确引导消费，做好微生物肥料的科普宣传工作。